清顺治十五年、南明永历十二年（1658），清廷加快统一步伐，命明降将吴三桂、洪承畴加快对盘踞在西南地区的南明政权进行围剿与镇压。六月，清军大举进攻中国西南地区的云南和贵州。十一月，清将卓布泰在安龙府城南凉水井一带击败南明守将李成爵，攻取安龙府，改安龙府为安笼所。清政府收复黔西南地区，为统一全国、强化西南地区的统治奠定了基础。

顺治十六年（1659），清政府改安笼千户所为千总，设安笼游击驻所城，直隶于贵州提督，安龙军事地位得到进一步加强。康熙四年（1665），清政府裁撤安笼游击，在县境建安笼镇总兵，直隶于贵州提督，安龙成为贵州省境4个兵镇之一。

康熙六年（1667）十月，清政府裁撤安南、安笼二所，设南笼厅，驻故安南所城（今晴隆），隶贵阳府。康熙十年（1671）十二月，贵州巡抚曹申吉改南笼厅隶安顺府，通判移驻安笼所城，即今安龙县城。

安笼镇、南笼厅在县境的建立，为清政府实行改土归流，强化对西南地区的统治，在黔西南地区建府设县奠定了基础。但就在此时，叛降清政府的原明山海关守将、清平西王吴三桂因不满清政府裁撤三藩，悍然发动“三藩之乱”，叛离清政府统治，于康熙十二年（1673）十二月，攻陷南笼厅及广西泗城土府，今安龙县全境悉数落入吴三桂叛军之手。康熙二十年（1681）正月初一日，清政府派平南将军赉塔率军渡过南盘江，以5万兵力在南笼厅城南石门关攻破吴三桂守将周应龙、何继祖的阻击，收复南笼厅。

清代雍正以前，今安龙县境在很长一段时间内为广西岑氏土司的管辖范围。土司实际上是割据一方的地方政权，土官则有其名却行土司之实。雍正皇帝为打通西南三省腹地的交通线，以加强对这一地区控制，沿用明朝时期和顺治、康熙一脉相承的改土归流政策，任命鄂尔泰为云、贵和广西三省总督，大规模对这一地区实行改土归流，就是废除土司制度，改为清政府委派的流官直接进行统治。雍正二年（1724），诏议滇黔桂接壤的协、营及土司受安笼镇总兵辖制，安笼镇受三省提督节制。雍正五年（1727）五月，云贵总督鄂尔泰、工部侍郎李绂、广西巡抚韩良辅相会于南笼，议划广西、贵州界与“改土归流”，议定南盘江为黔桂两省分界线，江之南属广西，江之北属贵州。同时上疏朝廷，请准削除岑氏土司世职，岑氏土司对南盘江流域的管理自此彻底结束。七月，清政府裁定原西隆州所属罗烦、册亨，泗城府所属上江、长坝、桑郎、罗斛等地均在江北，割隶贵州。以18甲新设永丰州，并设罗斛州判和册亨州同隶永丰州，升南笼厅为南笼府，以永丰州隶之。经吏部核准，福建晋江人黄世文成为南笼府第一任知府。同时，为加强对盘江流域的军事统治，鄂尔泰还奏请将安笼镇划归贵州提督节制，扩大编制，总兵驻府城，增设长坝、永安、普安3个协营。南笼府建立后，府设同知、通判、经历、教授等官职，州设知州、州判、州同、教谕、训导等行政官员，均由朝廷统一调配，一改过去当地土司割据一方，朝廷授予相当官职的土官制度，中央政府政令得以直达地方，强化了中央政权对地方的统治，强化了国家的统一。

改土归流是一次深刻的政治制度、军事制度改革，触动了一些土司的利益，激起了一些土司头目的反抗。雍正六年（1728），西隆州八达寨土目颜光色谋反，安笼镇总兵蔡成贵调集重兵在南笼土练的配合下，平息了这次叛乱，巩固了清政府在黔西南地区的统治。

改土归流之后，土司占有的土地大部分收归国家所有，只有少部分“私田”作为其生活用地。赋税与地租分离，赋税由政府征收，地租仅是“私田”的收入和少量“公田”的附加。农奴对土目的人身依附逐渐解除，等级界限日渐打破。此后，湖南、四川、广东、广西及本省遵义、思南等地汉民纷纷移居南笼府，大多数贫苦农民前来租垦荒山，少数城镇商人和手工业者或开设店馆进行贸易，或建立作坊从事手工业生产。后来，这些“客民”中的富户买田置产，放贷收息，成为新兴地主。领主经济逐渐破坏，封建地主经济逐步形成。

随着大量民众的涌入，安龙作为黔西南地区的政治中心逐渐繁荣起来。为进一步加强对黔西南地区的统治，南笼府官吏在强化军事力量的同时强化文化教育，雍正九年（1731）在府署后侧建南笼府试院，乾隆十二年（ 1747）在城北海潮寺前建九峰书院，奏请朝廷增加南笼府文生、武生名额，南笼府城教育得到长足发展，集中涌现了范文安、李琼英、景寿春等一批本土知识分子，出现了黔西南地区教育文化发展的第二次高潮，对后世影响巨大。同时，南笼府地方官吏还加强府城城市建设，于乾隆七年（1742）扩建南笼府城，府城周长达到4010米、高5米，建城门5座，成为黔西南地区的中心城市。